Dr. Abouleish tarafından Nil vadisinin çöl sınırında yer alan arazilerin tarıma kazandırılması için 1975 yılında satın aldığı yetmiş hektarlık arazi, 1977 yılında SEKEM adıyla işletilmeye başlatılmıştır. Arazinin sınırlarına ağaçlar dikilmiş ve belirli bir bölümü de orman oluşturulmak üzere fideler ile tohumlanmıştır.

Ayrıca bölgede bulunan Bedevi ailelere, yöreye özgü kerpiç evler yapılarak barınma ihtiyaçlarını giderilmiştir. Mısır mandası ile süt üretimine başlayan örgüt, biyodinamik şartlarda toprağı işleyerek gelir elde etmeye başlamıştır. Tıbbi bitki üretimine hız veren örgüt oluşmaya başlayan gelir ile 1987 yılında yetişkin eğitim merkezini açarak, çalışanlarına ve bölge de bulunan çiftçilere eğitimler vermeye başladı.

1988 yılına gelindiğinde ise SEKEM Bedevi ailelerin çocukları için anaokulundan liseye kadar eğitim alabilecekleri bir okul açmıştır. Bu süreçte organik tarım uygulamalarını genişletemeye başlamıştır. Ayrıca çalışanları için sosyal yardımlaşmayı desteklemek üzere SEKEM Çalışanları Kooperatifi adında bir oluşuma öncü olmuştur.

1997 yılında ise kendi bünyesine, metal işleri, marangozluk, mekanik işler, elektrik işleri, terzilik, biyodinamik tarım, ticaret ve sanat dalıyla eğitim veren bir yüksekokul katmıştır. Çalışanlarının çocuklarına meslek edinmeleri için kurulan okul yöredeki aileler içinde çocuklarına eğitim fırsatı sunmuştur.

Organik Tarım Merkezi adıyla kurulmasına yardımcı olduğu bağımsız denetim kuruluşu olan bir örgüt kurarak Mısır da bulunan birçok çiftliğin atıl kalmış arazilerinde organik üretime teşvik etmiştir. Halen yaşan örgüt, oluşturduğu tıbbi üretim tesisleriyle Holding olmuştur. Çöldeki vahayı kuranlar olarak çalışanları ile daha fazla toprak işlemektedirler. Ayrıca şu an sürdürülebilir enerji çalışmalarını sürdürmektedirler.